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工程建设项目全过程审计一般包括对工程项目投资立项、设计（勘察）管理、招投标、合同管理、设备和材料采购、施工管理、工程造价、竣工验收、财务管理以及档案管理等全过程的检查和评价。
1、投资立项和可研阶段审计
（1）审查建设工程项目立项的决策程序和手续是否合规、完备，是否在多方案比较、论证的基础上进行决策。
（2）审查可行性研究报告或项目申请报告编制的依据是否真实，是否符合国家有关规定；拟建项目建成后的经济、社会效益分析是否客观、真实；是否符合地区发展规划和基本建设总体规划。
（3）审查资金筹措的安排是否合理，分析投资估算是否准确，资金能力分析是否准确等。
（4）审查项目管理职能部门内控制度是否健全，职责是否明确，项目责任追究制是否建立，项目各个环节是否明确责任人。
2、项目报批报建审计
政府或国有投资项目需要办理的证件主要有：项目选址与用地预审意见书、国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证、环保及消防批准等文件，审核其文件的真实性和程序的合规性。
3、初步设计及概算审计
项目初步设计的相关文件和编制单位的资质等资料进行全面审计。以审计有效性、全面性、周密性、经济性为出发点，从项目的规模、结构、选材等多个方面入手，对项目的设计深度、广度进行周密细致的分析，审计初步设计程序是否合规，初步设计方案是否全面合理优化；结合优化初步设计方案对设计概算进行审核，做到概算与方案保持一致，投资水平科学合理。
4、项目招投标情况的审计
包括但不仅限于检查招标文件、工程量清单及控制价的合理性、准确性，检查投标、开标、定标等合规性。
（1）勘察设计招投标的文件内容是否完整、严密，是否全面准确地表述招标项目的实际状况和招标人的实质性要求。
（2）审查招标代理、监理、施工、材料（设备）采购、工程分包等招标方式是否符合法律、法规规定并经有关部门批准，规避招标等违规操作情况，标段的划分是否适当、科学。
（3）审查投标单位是否具备招标公告要求的投标资格，是否具有良好的社会信誉和圆满完成招标项目的能力。
（4）审查招标文件内容是否完整、明确，重点审核有关投标报价、评标办法、结算方式、工程付款、违约责任、质量、工期、保修等内容是否完整、严密。
（5）审查标段的划分是否恰当，是否存在人为分解工程项目，规避招投标等违规现象，标段的划分是否适当、科学；审查招标程序是否符合《招投标法》和有关招投标工作法律法规规定。
（6）审核工程量清单是否按照《建设工程工程量清单计价规范》等编制，工程量及项目特征描述是否准确，有无错项、漏项，综合单价、费用计取是否合理、准确。
5、工程建设相关合同的审计。
主要包括对建设工程的总承包合同和建设单位分包项目的分包合同的审计。主要审核合同主体的合法性，合同内容与招标文件、投标文件是否一致，工程量增减、材料设备价款调整、暂估价约定、计价计量规则条款、结算依据、审计条款、违约条款、风险分担机制等内容表述是否合规、合理、准确、完整。
6、施工图设计及施工图预算的审计
（1）以招标文件及建设工程合同为依据，对施工图的合法、合规性，是否存在影响工程进度及质量的风险，是否在合理优化设计范围内等方面来进行审计。
（2）施工图预算的审计。编制的施工图预算控制价不得高于初步设计批复的投资概算中同口径的建安工程费及其他工程费。确实无法通过设计优化控制工程总投资、工程总投资超过批准的概算的，建设单位应该及时报项目审批部门调整概算。以评审后的工程造价审核报告作为施工阶段支付进度款、办理结算审计的依据。
7、工程进度款的审计
根据工程进度，审核实物工程量及工程进度款，主要审核是否符合申报程序，所报进度是否与实际工程进度及实物工程量相符，计量计价方式及支付办法是否与合同约定相符，是否存在重复申报或将甲供材料、设备虚报的现象，工程预付款是否按合同约定比例支付和扣回等。
8、设计变更的审计
参与图纸会审、设计变更的论证。对设计变更主要审核是否符合设计变更的批准程序，变更内容是否与实际发生相符，是否经过可行性论证，是否有变更费用预算书等。在考虑成本效益的基础上，对可能引起工程造价超出工程投资总额控制目标的重大设计变更进行审核，并出具审计意见。
9、材料设备价格的审计
对于按照有关规定达到必须招标条件的大宗材料设备，检查是否按相关规定和程序进行；对于未达到招标条件的材料设备，审核建设管理部门提供的相关资料。对本工程需要核价的建筑材料及设备进行市场考察并给出核价建议，协助对整个工程建筑材料及设备的质量进行监控，避免不合格材料及设备用于工程。
10、工程签证的审计
参与工程现场签证和隐蔽工程签证等工作。对工程签证，主要审核是否符合工程签证的管理程序和批准权限，签证内容是否与实际发生相符，计量计价方式是否与合同有关条款约定相符，能否作为结算依据等，及时做好签证事件的相关记录及影像资料。
11、隐蔽工程的审计
在隐蔽工程完工后，审计人员需参加隐蔽工程的检查验收，现场核查隐蔽工程做法，材料是否与图纸、设计变更、施工规范、图集等相符，对基础尺寸、开挖尺寸、土石类别、边坡系数、土石方运输方式及运距等涉及造价变化的工作内容进行收方。跟踪审计人员须做好跟踪审计的书面记录、照相、摄相、电子文档，保留原始收方记录，并做好审签工作。对于结算时容易产生分歧的隐蔽工程，如土方工程、路基工程、拆除工程等，应重点跟踪。若施工方自行处理，工程结算审计时不予认可。
12、索赔费用的审计
在施工过程中，审计人员对可能引起索赔的因素重点跟踪，并及时提供相关审计咨询建议，以力求避免索赔事件的发生。对已经发生的索赔事件，根据合同的约定，及时做好事件发生、发展、终结等相关记录，必要时现场拍照，收集相关证据。
